过度刺激风险：促排卵过程中使用激素可能引发卵巢过度刺激综合征，尤其是在多囊卵巢综合症患者中更为常见。成功率波动：鲜胚移植的成功率受多种因素影响，如女性年龄、胚胎质量等，个体差异较大。筛选优质胚胎：囊胚是指培养至第5或第6天的胚胎，这一阶段的胚胎已经经历了重要的细胞分裂过程，只有发育潜力好的胚胎才能达到囊胚阶段，正因如此移植囊胚可以提高妊娠率。着床率高：囊胚移植时，胚胎与子宫内膜的发育阶段更加同步，提高了着床的可能性。
成本增加：培养至囊胚阶段需要更长的时间和更高的技术要求，这可能会招致治疗成本上升。部分胚胎无法存活：并非所有胚胎都能成功发育成囊胚，这可能会减少可移植的胚胎数量。避免OHSS：对于存在OHSS高风险的患者，可以选择先冷冻胚胎，待身体恢复后再行移植，降低并发症的风险。灵活安排时间：冻胚移植不受排卵周期的限制，可以根据患者的实际情况和医生的建议选择较好移植时机。多次移植机会：一次周期中多余的高质量胚胎可以冷冻保存，为未来的移植尝试保留机会，无需重复经历促排卵过程。
冷冻损伤：尽管现代冷冻技术已经非常成熟，但仍有极少数胚胎可能因冷冻过程受损而无法复苏。